Da die Seitenstränge bis tief in den Rachen hineinreichen, empfinden die Betroffenen die Beschwerden oft stärker als bei einer Rachenentzündung. Der Hals schwillt meist zu, sodass Schmerzen beim Schlucken dauerhaft bestehen.
Zudem kann es bei der Seitenstrangangina zu einem weiteren Symptom kommen: Ohrenschmerzen. Die Seitenstränge befinden sich in enger Nachbarschaft zur Eustachischen Röhre, ein Verbindungsgang zwischen dem Rachen und den Ohren. Auf sie kann die Entzündung übergreifen, sodass Störungen im Druckausgleich und Schmerzen entstehen. In manchen Fällen dringt die Infektion gar bis ins Ohr vor, eine Mittelohrentzündung ist die Folge.